開放源碼生物資訊:簡介

p3p Script Language Conference bioinfo session 前言)

冷泉港實驗室的 Perl hacker / 生物學家 Lincoln Stein 預測,生物資訊是一個即將在 2012 年消逝的學科。追隨分子生物學的腳步,宛如分子生物學從一門次學科轉變成為一種研究工具的十多年軌跡,生物資訊將在十年後正式以工具的角色被吸納進生命科學之中。在 O’Reilly Bioinformatics Technology Conference 現場的 700 多位生物資訊領域人士在未來十年還會有就業機會,但是他們將不再掛著「生物資訊學家」的職稱。

面對一個這麼新的領域,我自己扮演著一個廣義生命科學領域中,關心生物資訊整體發展的業餘角色。雖然台灣一直到 2002 年 11 月中才出版了「生物資訊學電腦技術」,後續的其他書籍還不知道什麼時候會在中文世界出現;informer 的 bioskills 譯者聚會建議,剛好因緣際會成了想要建議 p3p 主辦單位,在這樣的機會中創造生物資訊與 3p 開放源碼社群交流的機會。這是這個 session 的誕生緣起。

跟其他領域(教育、企業應用)比起來,bioinfo 是相當新的的特殊應用領域。然而在運用開放源碼、建構自由軟體計畫的方面,狀況又是怎樣呢?在 sourceforge.net 上面 host 的計畫數目有數萬個,savannah.gnu.org 的計畫有 1398 個,甚至 mozdev.org 上面的計畫數目也有 128 個。bioinformatics.org 一個在生物資訊領域中關切開放性與自由的組織、也扮演著軟體鑄造場的角色 ,目前號召生物資訊相關的自由軟體計畫來歸,目前 host 的計畫數目僅有 98 個,會員有五千多人。

總括來說,開放性與這個新興的領域的特質相互矛盾、充滿衝突。熱門的新領域其中又參雜著各方勢力,不同的授權條款規定隱形地限制著各個創意的計畫彼此分享交流。但是人們又需要彼此知道有什麼最新的發展,想要掌握被發明出來的最新研究工具與技術。

因此我們很高興可以在台灣種種環境的限制下,邀請到兩位目前「現役」的工作者,來跟我們分享他們的實作經驗。我想更棒的是,站在生物資訊的角度,我們有機會認識到 3p 領域中的其他工作者與他們的經驗。讓我們再回到 Lincoln Stein 的說法,關心解決生物問題的生物資訊學家 bioinformaticist 其實是生物學家 biologist;關心演算法的計算生物學家 computational biologist 其實是資訊電腦科學 cs 的成員。讓我們歡迎這兩位投身生物領域的工作者跟我們來分享。

開放源碼生物資訊:簡介 有 “ 7 則留言 ”

  1. 小小個人意見,文筆不佳請見諒
    (誰叫我現在才知道p3p conference這件事…)

    分子生物學直到現在仍然是一個在生命科學中獨立的研究領域,並不像文中說的僅僅是工具(除非你把分生的定義窄化到只剩下那些工具),只要整個基因體的運作方式還沒有完全被了解,分子生物學和生物資訊就會繼續是一門學科

    此外,所謂的"學科"並不只有在研究方面,即使一個領域的基本原理已經有99%被了解,它仍然有在應用上繼續改良的價值,舉例來說,大部份工學院的理論基礎早在19,20世紀就已經被了解了,但是實作上的改良到現在仍然在持續,對應到生命科學上,即使整個基因體的運作方式都已被了解了,但它在製藥上,醫療上,或是工業上的各種應用都還可以持續進行,而這都還需要分子生物學和生物資訊

    因此,我只同意生物資訊"的純研究部份"最終將會以工具的角色被吸納進生命科學之中,而後,所謂的生物資訊領域將會轉型朝向應用方面.此外,我也不認為這件事在2012年就會發生,以現在我們對整個基因體運作原理的了解程度來看,再花個二三十年絕對跑不掉

    另外提到生物資訊開放源碼的部份,我很不能同意"開放性與這個新興的領域的特質相互矛盾"這句話,事實上剛好相反,在生物資訊領域中,許多資料庫,軟體,以及各種觀念和標準的先驅,都來自於非營利的機構,原始碼也大部份都開放.生物資訊在工業界為何一直找不到良好的business model,很重要的一個原因就是由於來自開放源碼的競爭太大所致(有興趣的網友可以研究一下Celera公司的轉型以及DoubleTwist公司的結束營業後面所代表的意義).bioinformatics.org絕對不能當作衡量生物資訊領域開放程度的標準,因為它只是一個社群而已,沒有加入bioinformatics.org的許多機構,事實上也是開放源碼的

    我認為,是否開放源碼,與生物資訊這個領域的純研究是否已走到盡頭有很大的關係,如果大家都還有很多問題,自然會想要交流以解決問題,而如果純研究已走到盡頭,開始進入應用層次,大家就會開始保護自己所發展出來的東西以維持競爭力.因此,我也相信在生物資訊界這種以開放源碼為主流的情況至少還會再持續個十幾年.

    最後,ilya,有conference記得要早點告訴我
    謝謝

  2. 很高興看到馬克貓。你說的一點也沒有錯。a.分生「當然」仍然是獨立的一個研究領域,b. 開放性與這個新興領域的確不見得相互矛盾、衝突。a.的論點基本上源自 Lincoln Stein 的 keynote 演講說法,但我覺得 lstein 的講法頗為鉅觀,以 discipline -> service 的角度來重新看待生物學內的切割,頗有新意;我自己雖是生命科學邊緣的心理學門徒,卻也很希望能夠有這樣的觀點來挑戰我們心理學內的不同次領域。b. 我很感謝有來自 itri 的朋友能夠有機會表達對開放源碼的支持;這些顧慮原本是在面對國內脈絡時我的焦慮,但是今天也很高興的是,看到熊老師出現在會場,支持羅與卓兩位與 3p 領域的實務工作者有所交流。:P 我也看到不必然如此矛盾的可能與希望!

    最後,我今天也在會場上說了:生物資訊是一個很新很大的領域;我們最初跟主辦單位提的是一個嘗試的可能,在有限的籌辦時間中,建立初步的對話交流經驗;如果它是一個不錯的經驗,當然會繼續下去!當然下次 conf 絕對不會早點告訴你….要是你的話,就來一起辦吧!

  3. >這些顧慮原本是在面對國內脈絡時我的焦慮

    如果我們只討論國內的狀況…那確實讓人憂心
    目前國內是各大勢力搶錢大混戰啊!
    在這種情況下誰會開放源碼?
    (還有一個可能就是實力較弱的一方拼命要求開放源碼,實力較強的一方則堅決不肯,兩者都是基於利益來考量是否開放源碼這件事,和開放源碼的原始精神完全不同)

    然而,撇開各大勢力的利益糾葛,底下的人卻是可以交流的
    其實我有一個想法,就是把各大勢力的老闆底下實務上的工頭(例如帶頭的postdoc)找來開座談會
    跳過上一代的恩怨,從我們這一代開始合作交流
    這對台灣生物資訊的發展會有很大的幫助
    (舉例來說,我自己就很希望找一些合作對象來作一些有趣的題目,但是門派壁壘分明,我明知最佳人選就在那裡,卻無法去談合作)

    然而有一個先決條件,就是這個座談會必須是私人且非正式的
    不然工頭回去可能會被老闆以叛將處份…

  4. 如果有這種會記得通知我。
    以我之見,分生是一種界限逐漸消失的學科,每個人都可能稱自己是分升學家,我們實驗室如果願意,我也能夠從無到有搞一個分生小組來。所以說他消失也並非太過。無論如何,在台灣的學家如果再搞山頭,學界就會絕對只是學人的墳墓。

  5. 呀!!到今天才發現這篇文章,這種討論怎可少了我呢:P

    對於正在往生物資訊大門爬行的我來說,生物資訊遠比大家想像的更為廣大。我在生物資訊領域看到一道曙光,一道足以整合所有科學,並且重新詮釋所有科學的力量,但由於我科學的證據不足,就無法在此詳細說明。

    不過從另一個角度來看,生物資訊的人才來自四面八方,難道所有的知識為此前來只是為了解決一個"前景看好"的生物問題? 每當聽到一些詮釋生物的物理或數學模型,我的耳朵總是會豎起來,雖然絕大部分在我們這種生物背景,"所謂的生物人"眼裡看起來很可笑,不過,正當大家用不同科學的角度看一件事情的時候,不僅只是將知識結合在一起而已,更激發了新意。

    我個人認為生物資訊將會給世界帶來的衝擊,將遠遠超過"基因體學"、"蛋白質體學"的山頭。甚至完全不同於老生物人口中的"生命科學",10年後的生物資訊也絕對不是僅止於計算分子的dynamic、預測結構、比對…,甚至連建立的生物運作模型也會更為複雜、更加的架構化、資訊化,就像哲學追根究底的細述一整個科學現象的來龍去脈,不僅只是應用於醫療,甚至被進一步的被應用於詮釋生命的本質,而不僅是科學的應用。

    大自然混沌與碎形的律動方式,不斷地在近代物理、化學、古典物理以及生物…種種現象中重現它基本的定律,這基本的定律悄悄地.悄悄地.或堆疊、或協調、或重組、或反覆…交織成了物質的全部,組合成人們難解的謎。

    whisper from Totipoten~

  6. Biotechnology: Out of the Labs and into Every Industry?
    我一直在看 Mengjuei 的部落格,也在 ilya 的這篇文章讀到一些 bioinformatics 的資訊. Is it an emerging discipline or? 昨天(Feb. 14)信箱收到 Accenture 寄來的文章。這個領域(which seems promising),我是不是應該

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